Археолошкото одделение го истражува развојот на градот Скопје низ периодите на праисторијата, антиката и средниот ек, преку откриените артефакти од повеќето археолошки локалитети во скопскиот регион: неолитската населба Церје, село Говрлево; некрополите од железно време Дубице – село Волково, Зајчев Рид (антички град Скупи) – село Злокуќани, Село – село Орешани, Круша – Средно Нерези, Римска бања – Катлановска бања и од подоцнежниот период, aнтичкиот град Скупи, населба Тауресиум; село Таор и населбата Маркови кули – Водно. Од средниот век најзначаен е локалитетот Скопска тврдина Кале. Од археолошките истражувања на овие локалитети во Музејот на град Скопје се формирани значајни музејски збирки.

Историското одделение ги следи настаните поврзани со хронолошкиот развој на градот, потпирајќи се на бројните историски податоци од материјалното и духовното наследство на Скопје низ вековите. Разновидниот музејски материјал со кој располагаат историските збирки, бележи временска одредница од 15 век па се до денес. Збирките содржат оружје, стари книги и ракописи, документи од 19 век, фотографии и разгледници од градот Скопје.

Одделението за етнологија го проучува етнолошкото културно наследство на населението во градот Скопје и селата од неговата околина, од средината на 19 век до втората половина на 20 век. Во етнолошкото оделение се чуваат предмети од материјалната и духовната култура на населението, класифицирани во збирките народна носија, градска облека, покуќнина од текстил, дрво, метал, глина, керамика, порцелан, стакло, оригинални фотографии со етнолошка содржина и документи.

Одделението за историја на уметноста хронолошки го покрива периодот од 12 век па се до денес. Збирките содржат фрагменти од оригинално средновековно фрескосликарство, копии на фрески, оригинални иконописни дела од црквите во регионот на градот Скопје и значајни ликовни дела и фотографии на реномирани македонски и светски уметници.

Одделението за архитектура ја истражува и проучува архитектонската камена пластика од римскиот град Скупи, а ги следи и проучува архитектонските промени и процеси на развојот на современиот град Скопје.

Бројот на музејски предмети во Музејот на град Скопје, ја надминува бројката од 40.000 музејски артефакти, од кои голем дел се презентирани и публикувани.

Освен постоечките музејски збирки, Музејот на град Скопје поседува и донации од различни области на културата. Легати на музејот се ликовните дела на познатиот македонски сликар Љубомир Белогаски и Родољуб Анастасов, фотографиите на Благој Дрнков, цртежите на Јирген Пиплов, народната носија и покуќинските предмети на Македонците Муслимани, донација на Нијази Лиманоски, потоа фотографии од скопските маала (1945-1963) на авторот Ристо Паунче и Укијое - дрворези, јапонска донација.

Структурата на музејот ја сочинуваат одделенијата за обработка, чување, користење на документација за движно културно наследство, потоа за едукација и водичка служба и конзервација и реставрација на музејскиот материјал. Во музејот функционираат и одделението за правни и општи работи и одделението за економски работи. Библиотеката на музејот располага со богат библиотечен фонд со вкупно 7109 наслови, од кои 400 наслови на ретки и стари книги, кои потекнуваат од крајот на 19 и почетокот на 20 век.

Издавачката дејност на музејот се претствува преку богатиот фонд на каталози од различни ликовни и тематски изложби, но и неколку монографски изданија кои ја презентираат богатата историја на градот Скопје, преку објавувањето на богатото археолошко наследство, средновековната сакрална уметност, културниот живот во градот и неговата архитектура.

Музејот за својата 70 годишна работа има добиено награди, благодарници, плакети и признанија.

Помалку